DizzyData biedt een duplicaatcontrole die controle doet op basis van relatie (debiteur of crediteur) + factuurnummer, per boekjaar. Bij een gelijke combinatie van relatie en factuurnummer in een voorafgaand boekjaar wordt de duplicaatcontrole niet getriggerd. Dit is niet altijd 100% waterdicht, want als twee facturen op hetzelfde moment verwerkt en geboekt worden, dan kunnen beide worden verstuurd. De eerste factuur is namelijk nog niet verwerkt en er is dus nog geen duplicaat te vinden. Dit vraagt extra oplettendheid van de gebruiker wanneer er op hetzelfde moment dubbele facturen te zien zijn. 

Ook is er een scenario mogelijk dat het factuurnummer net wat afwijkt van de eerste factuur, waardoor de duplicaatcontrole ook niet getriggerd wordt.